「見えている」と書きました。
windows だったら c:\ とか d:\ となりますが、linux の場合 / はどこにあるかを明示していません。
少なくとも puppy では OS もユーザも / 以下にある仮想的なディレクトリツリーを見ています。
ハードディスクには違いないでしょう。しかし linux のファイルシステムのおおもとである / はそこにあると言い切れるでしょうか。ファイルマネージャがそのように表示しているだけと思いますが。
起動する度にいちいちシステムをディスクに展開するくらいなら、最初から展開した状態で置いておけばいいと思います。それはライブCD方式ではなくて、通常のOSのインストール方法です。その場合、 sfs または squashfs は不要です。