windows のフリーソフトを使うと、テンポラリーファイルに、なにか設定を書きこむことがあります。すると次にwindows を起動するときにスキャンディスクが始まってしまいます。windows ではないLinux のシステムがファイルを書きかえているため、windows のファイルシステムと整合性が取れなくなってしまっているためです。
Linux にwindows のドライブをマウントするときにリードオンリーの権限しか与えない方法もありますが、これではLinux でwindows のフリーソフトを使っても、なにか設定を変えたいときは、いちいちwindows を起動しなければなりません。
Linux でwindows のvfatを読み書きしても、windows システムと常に整合性が保てる、良い方法はありますでしょうか?ないでしょうね。