通常wine でも状況に変化はありません。wineの不具合ではありません。ターミナルより
wine d:/xx/freesoft01.exe
と入力すると正常に動作します。以下に説明するランチャーソフトとの連携の問題だと思います。
windows の階層型ランチャーソフトをxdotool のマウスジェスチャー機能により起動し、また、このランチャーソフトの設定ファイルに
wine d:/xx/freesoft01.exe
のような行を加えるとfreesoft01が起動するところまではうまくいきました。しかし、freesoft01起動後、なにかキー操作をすると、直ちにfreesoft01が終了してしまいます。
このランチャーソフトは非常駐型のため、freesoft01起動後にwineの機能も終了してしまうのかな〜と想像しています。なにか解決策はありますでしょうか?これだけの情報では難しいでしょうね。