よく分からないのですが、既存の save file があるにもかかわらず、初回ブートの動作になり、save file 作成の作業をしたということでしょうか。
「ここで新しい save file が作られるわけではなく」という部分もよく理解できていないのですが...
私は、すでに複数の puppy をハードディスクにインストールしてあるので、Bookworm Pup も手作業でファイルを配置して、grub.cfg を手作業で編集しました。(厳密に言うと、custom.cfg に追記しました。) この grub2 は grub2config で設定したものです。
最近の Puppy では frugalpup とgrub2config の両方を搭載したものもありますが、ブートローダの設定に限れば、インストール済みのOSを自動的に拾ってくれる grub2config のほうが気が利いていると思います。ntfs パーティションも検出してくれます。
frugalpup は puppy のファイルを配置する作業もしてくれますが (Puppy ボタン)、ntfs パーティションを検出しないのに加えて、ブートローダの設定 (Boot ボタン) が、windows とのデュアルブートに対応していないので、puppy のみ (複数の puppy もOK) のインストールに限られます。
frugalpup の作者 gyrog さんに frugalpup の国際化対応を促したのは私ですが、正直なところ、利用できる場面は限定されると思われます。