もしかして、パピー4.3.1JPをFullインストールしてる?sheknow さんが書きました:pfix=ram の有無は関係ないようです。
Fullインストールでは pupsaveをもともと使わないので、 pfix=ram のブートオプション(pupsaveを使わせないオプション)は意味ないです。
Frugalインストールの場合、 pfix=ram のブートオプションで起動すると元のシステムだけで動くので、諸々の影響を排除してテストする常套手段になっています。
Fullインストールではこの手が使えず、元に戻す手段は初めからインストールしなおすしかありません。
ライブCDが使えるなら、起動メニューにあるRAMモードでテストできます。